KDV iade alacağının ithalde alınan vergilere mahsubu için, ilgili gümrük idaresinden mükellefin vergi dairesine hitaben yazılan ve ithalde alınan vergiler ile varsa gecikme faizi, zam ve ceza tutarları ile ödemenin yapılacağı gümrük muhasebe birimi ve hesap numarasını belirten bir yazı alınır.

Mahsup tutarını gösteren muhasebe işlem fişi talep tarihinden itibaren 10 gün içinde ilgili gümrük muhasebe birimine gönderilir.

Herhangi bir nedenle mahsup yapılamaması halinde, gümrük muhasebe birimince düzenlenecek muhasebe işlem fişi ile mahsup edilemeyen tutar ilgili vergi dairesine iade edilir.